Lambang merupkan suatu simbol yang menjadi ciri khas dari suatu lembaga, instansi, organisasi, atau yang lainnya. Suatu lambang dari suatu lembaga atau organisasi mempunyai makna yang mendasar untuk tujuan lembaga atau organisasi tersebut. Begitu pula halnya dengan lambang Pondok Pesantren Moderen Babun Najah. Lambang tersebut mempunyai makna yang untuk mencapai tujuan dari lembaga pendidikan pesantren ini. Lambang tersebut juga digunakan untuk lambang Yayasan Perguruan Islam (YPI) Babun Najah.
Lambang Pondok Pesantren Moderen Babun Najah terdiri dari gambar segi lima sebagai dasar bentuk lambang yang berwarna hijau di dalamnya dengan dua garis samping berwarna hitam. Di dalam segi lima tersebut terdapat gambar mesjid yang bagian bawahnya ditutupi oleh sebuah buku/kitab berwarna kuning dalam keadaan terbuka yang di dalamnya bertuliskan Allah dan Muhammad dengan tulisan Arab dan berwarna hitam. Di bawah buku/kitab terdapat tangga yang di bawah tangga tersebut ada tulisan Babun Najah dan di belakang mesjid ada sebuah dinding sebagai latarnya.