Berdirinya Pondok Pesantren Moderen Babun Najah merupakan sebuah kerja keras yang didalamnya terlibat berbagai pihak yang berkompeten dalam bidangnya masing-masing. Bapak H. DR (HC) Rusli Bintang merupakan seorang pengusaha Aceh yang sukses dan telah mendirikan Yayasan Abulyatama, Bapak Drs. Tgk. H. Muhammad Ismy, LC adalah seorang ulama Aceh yang telah lama bermukim di Madinah Arab Saudi sehingga beliau dikenal juga dengan sebutan Abu Madinah. Dan yang terakhir adalah Bapak Drs. H. M. Saleh. Beliau adalah pegawai pemerintahan yang merupakan sesepuh masyarakat dimana Pondok Pesantren Moderen Babun Najah didirikan.
Mereka memahami keinginan masyarakat Kota Banda Aceh dan Aceh Besar yang mengharapkan adanya tempat pendidikan yang memadukan pendidikan umum dengan pendidikan agama, atau sering kita sebut dengan Pondok Pesantren Terpadu / Moderen sebagaimana yang telah ada di daerah lain. Dari kesepakatan mereka bertiga dan didukung oleh tokoh-tokoh masyarakat Aceh lainnya yang mempunyai perhatian terhadap pendidikan putra putri Aceh, maka diajukanlah pendirian Yayasan Perguruan Islam (YPI) Babun Najah sebagai organisasi yang menaungi Pondok Pesantren Moderen Babun Najah. Yayasan tersebut resmi berdiri dengan adanya Badan Hukum yang tertera dalam Akte Notaris Nomor : 258/H.U/5/5/1994 pada tanggal 28 April 1994 dari Notaris Husni Usman yang berkedudukan di Banda Aceh.
Setelah yayasan tersebut berdiri, maka dibentuklah panitia pembangunan yang merencanakan dan melaksanakan pembangunan tahap awal Pondok Pesantren Moderen Babun Najah. Pembangunan fisik Pondok Pesantren Moderen Babun Najah pada tahap awal meliputi dua unit rumah permanen yang diperuntukkan untuk rumah pimpinan dan rumah ustadz. Dan satu unit bangunan asrama yang mempunyai lima buah ruangan. Tiga ruangan ditempati oleh santriwati dan dua buah ruangan di tempati oleh santriwan. Sementara bangunan untuk lokal (ruang belajar) digunakan bangunan darurat yang terbuat dari kayu dan beratap rumbia. Bangunan darurat tersebut tetap digunakan hingga ± 8 tahun. Hal ini disebabkan karena belum adanya bangunan permanen yang bisa ditempati untuk ruang belajar.
Kurang lebih tiga bulan kemudian, tepatnya pada tanggal 5 Juli 1994, kampus Pondok Pesantren Moderen babun Najah diresmikan oleh Ny. Siti Hardiyanti Rukmana . Setelah peresmian dilakukan, Pondok Pesantren Moderen Babun Najah melakukan penerimaan santri perdana untuk tahun pelajaran 1994/1995. Sambutan yang diberikan oleh masyarakat terhadap keberadaan Pondok Pesantren Moderen Babun Najah sangat baik, sehingga jumlah santri angkatan perdana yang masuk pesantren ini sesuai dengan apa yang diharapkan. Baik untuk tingkat Tsanawiyah/SMP maupun tingkat Aliyah/SMU.
Perkembangan Saat Ini
Sejak dari awal berdiri (1994) sampai saat ini, Pondok Pesantren Moderen Babun Najah telah mengalami banyak perubahan yang dilakukan untuk mencapai kesempurnaan dalam berbagai bidang. Mengingat bahwa keberadaan lembaga pendidikan pesantren ini harus dipertahankan meski dalam kondisi yang bagaimanapun, maka pihak pengurus telah melakukan berbagai macam usaha yang semaksimal mungkin sesuai dengan kemampuan yang dimilikinya. Dengan satu tujuan, yaitu agar pesantren ini tetap eksis dalam mendidik putra putri Islam.
Dari hari kehari pesantren ini terus berkembang hingga tanggal 24 Desember 2004 bencaana Tsunami melanda Nanggroe Aceh Darussalam, banyak anak–anak telah menjadi yatim/yatim piatu, masyarakat kehilangan sanak saudara, rumah tempat tinggal dan harta benda. Sebagian besar pesantren dijadikan tempat penampungan anak-anak yatim piatu, salah satunya di Pesantren Moderen Babun Najah, pada saat itu ada juga santriwan–santriwati pesantren telah menjadi yatim piatu di tambah lagi dengan anak dari pulo aceh yang di bawa oleh salah satu tokoh pulo aceh pada saat itu, dengan tujuan anak–anak yang telah menjadi yatim piatu tersebut tetap mendapatkan tempat tinggal yang layak dan pendidikan yang baik. Anak – Anak yatim piatu korban tsunami terus bertambah hingga saat ini.
Masa-masa sulit yang teramat sangat dalam menjalankan tugas mulia ini, telah dirasakan oleh para pengurus terdahulu dan mungkin juga oleh pengurus sekarang. Namun mereka juga merasakan adanya suatu kebahagiaan bila pesantren ini dapat terus eksis dalam mendidik insan-insan pembela umat Islam yang berjuang dengan ilmu pengetahuan dan tekhnologi.
Dilihat dari jumlah santri yang masuk dari tahun ke tahun terus bertambah dan begitu pula dengan alumnusnya baik yang di tingkat Tsanawiyah ataupun Aliyah, dapat kita ketahui bahwa perkembangan pesantren ini dari tahun ke tahun terus meningkat. Meskipun sering sekali menghadapi kendala pada bidang keuangan, namun hal tersebut tidak menyurutkan semangat para pengurus dan pengajar di pesantren ini.
Perkembangan fisik bangunan pesantren memang belum begitu menggembirakan, karena belum memadainya ruang belajar yang permanen, dimana saat ini masih terdapat adanya bangunan semi permanen dengan kondisi yang tidak layak untuk kenyamanan santri belajar, apa lagi dengan kondisi hujan. Adapun untuk saat ini sedang di bangun satu unit Mushalla berlantai dua yang IsyaAllah dapat menampung lebih dari lima ratus jamaah. Penyelesaian bangunan-bangunan tersebut sangat tergantung pada dana yang dimiliki oleh pesantren. Oleh karena itu, kami sangat mengharapkan bantuan dari seluruh masyarakat Aceh ataupun lembaga untuk penyelesaian pembangunan prasana dan sarana pendidikan pada pesantren ini sehingga para santri dapat belajar dengan tenang dan tekun, baik pada generasi sekarang maupun generasi yang akan datang.
Pondok Pesantren Moderen Babun Najah kini menjadi salah satu lembaga pendidikan yang semakin mendapat kepercayaan dari masyarakat Aceh. Berbagai even perlombaan sering dikuti oleh para santrinya, baik pada tingkat Kota Banda Aceh, maupun pada tingkat Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam, Kegiatan perlombaan yang diikuti pun berbagai macam, dari pidato bahasa Aceh, sampai pada gerakan kepramukaan. Dan alhamdulillah, pesantren kita selalu pulang dengan membawa piala di tangan. Baik juara satu, dua, ataupun juara tiga, bahkan santri Pesantren Babun Najah suudah pernah mengikuti kegiatan yang bbersifat internasional, hal ini terlihat dengan terpilihnya 2 orang santri Babun Najah untuk mengikuti Program kepemimpinan Remaja Indonesia Youth Leadership Program (IYLP ) kerja sama Legacy Internasional dengan Centrer for Civic Education (CCE) Indonesia di Amerika pada tahun 2006.
Para guru, ustaz/ustazah dan pengurus pun selalu mendapat kepercayaan untuk mengikuti penataran, seminar, dan berbagai macam acara pelatihan lainnya yang berguna untuk menambah mutu pendidikan pesantren ini. Tidak hanya kegiatan yang dilaksanakan di provinsi, namun juga kegiatan yang dilaksanakan di Jakarta, seperti mengikuti Pendidikan dan Pelatihan Pengelola Tempat Praktek Usaha Santri ( TPUS ) Koppontren, dan kegiatan Comprative Study mengunjungi beberapa pesantren yang ada di Jakarta dan Jawa. Hal ini menjadi suatu nilai tambah bagi pesantren ini dalam mendidik para santrinya. Kegiatan tersebut, biasanya dilaksanakan oleh Departemen Agama atau instansi lainnya. Dan dalam setiap mengikuti kegiatan ini, para guru, ustaz/ustazah ataupun pengurus, tetap memperkenalkan pesantren ini dan memberikan informasi tentang lembaga pendidikan kepada setiap orang yang membutuhkan informasi tentang Pondok Pesantren Moderen Babun Najah.
Semua kita berharap agar pesantren ini kelak menjadi lebih berkembang dan lebih maju dari sekarang ini, baik dalam hal sarana pendidikannya, maupun mutu pendidikannya. Sehingga para alumnus dari pesantren ini dapat menjadi cendikiawan muslim yang memahami Islam, menjalankan syari’at Islam, mendalami ilmu pengetahuan, atau dengan kata lain menjadi manusia yang beriman, bertaqwa, berakhlak mulia dan berilmu pengetahuan yang tinggi. Amin yarabbal’alamien.